实验室瞄准国家战略需求和国际土壤环境科学发展前沿，立足于中国特定的生态环境条件和丰富的土壤与生物资源，以土壤－植物－微生物相互作用为主要内容，开展从微观界面到宏观区域不同尺度的过程研究。在机理上，探讨土壤元素生物地球化学循环过程及耦合机理、土壤污染生态效应、生态恢复与重建机制等。在应用上，服务国家和地方退化与污染土壤治理修复需求，提出基于土壤健康、土壤环境容量与风险管控等不同层面的解决方案，为区域生态环境建设、农业清洁生产和人体健康提供前瞻性、原创性和战略性的支撑。

　　当前的研究主要集中在：植物对土壤中重金属的吸收、积累和转化机制；微生物、植物介导的土壤中重金属的生物地球化学循环，土壤微生物组成和分布特征，土壤中抗生素及抗性基因传播，典型扰动条件下土壤微生物群落的结构与功能演替及适应机制；微生物参与的土壤污染物转化消减过程与机制；土壤污染过程模拟；土壤污染生态风险评估；农田土壤重金属污染防治等。

　　实验室现有土壤分子生态学、土壤环境生物学、土壤污染与生物响应、土壤生态过程与生态重建和土壤污染风险管控与修复五个研究组。固定研究人员26人，其中研究员6人（国家杰出青年基金获得者1人，优秀青年基金获得者1人），副研究员8人，助理研究员12人。博士后8人，博士研究生33人，硕士研究生24人，客座学生9人。