1983年，在中国生态学学会的领导下，我国成立了以学部委员方心芳为首，黎尚豪、王祖农、简浩然、许光辉、王大珍、李家藻、盛玲玲、谢淑敏参加的9人筹备组，具体筹备成立微生物生态专业委员会。1984年1月在昆明召开的第1次全国微生物生态学术会议上正式成立了中国生态学学会微生物生态专业委员会。
多年来，微生物生态专业委员会逐步建立了与国内交叉学科的联系，积极组织相关的学术会议和方法学培训班，主动拓展与国际学术界的合作交流，为中国微生物生态学的启蒙与发展做出了重要贡献。微生物生态专业委员会积极开展各种学术研讨会，主要活动方式包括：组织召开微生物生态年会及国际研讨会（每年），以及各种专题研讨会（由委员建议）；以宁波大学为微生物技术培训基地，通过定期举办培训班的形式促进相关技术的传播和发展。
主 任：张 昱
副主任：刘学端 王爱杰 于 鑫 邢德峰 许玫英 杨云锋
秘书长：邓 晔