《全国生态功能区划》将国家生态保护战略需求与国际生态学前沿结合，针对协调开发与保护的科学基础和调控方法，以生态系统服务功能评价方法及其应用为主线开展了系统研究。建立了我国陆地生态系统服务功能及其经济价值评价方法，阐明了我国生态服务功能特征，创立了生态功能区划的理论、程序与方法，揭示了我国生态系统服务功能与生态敏感性空间分布规律，制定了全国生态功能区划方案，确定了对保障我国生态安全具有重要作用的重要生态功能区。
项目提出的区划方法和区划成果得到了广泛应用，取得了显著的生态环境效益和社会效益。区划方案与生态评价方法直接应用于《全国主体功能区规划》和《省级主体功能区域划分技术规程》。确定的重要生态功能区为国家“十一五”规划纲要中限制开发区和禁止开发区、国家“十二五”规划纲要中重点生态功能区、国家生态转移支付范围、《全国国土规划纲要》确定国家基础生态用地提供了基础和依据。基于《生态功能区划暂行规程》，全国31个省、自治区、直辖市先后编制完成了生态功能区划方案。生态服务功能评价方法和生态功能区划方法在青藏高原环境保护、京津冀生态环境保护与建设等区域生态保护与建设规划中得到应用，数百个市县用于编制生态功能区划，并为北京和广州等城市空间发展战略等提供了技术支撑。环境保护部认为该成果“对促进我国生态保护工作由经验型管理向科学型管理转变、由定性型管理向定量型管理转变、由传统型管理向现代型管理转变奠定了科学基础”。
《全国生态功能区划》成果被认为“是我国继自然区划、农业区划等工作之后，在生态保护与建设领域的重要基础性工作”，“为区域生态系统管理、自然资源开发、产业调整布局及国家主体功能区划分提供科学依据，是保障国家生态安全、实施可持续发展战略的科学基础”。Paul Ehrlich等三位美国科学院院士在国际著名杂志《自然》(Nature, Vol 486，June 7, 2012)的研究评述中，对中国生态功能区划和重要生态功能区进行了重点介绍，并给予高度评价。文章认为“中国重要生态功能区模式及其政策创新，为整合生态保护与人类发展提供了新的范式，具有广泛的应用前景。”项目主持人欧阳志云等还应邀在牛津大学、斯坦福大学，以及IUCN等相关国际组织举办的国际学术研讨会上做特邀或主题报告介绍中国生态功能区划及其在生态保护中的应用。
全国生态功能区划在环境保护部指导和组织下开展，由城市与区域生态国家重点实验室生态系统评价与规划研究组为主承担完成，并得到全国各省环境保护部门及有关单位协助和支持。全国生态功能区划获2012年度国家科学技术进步二等奖，主要完成人有欧阳志云、傅伯杰、高吉喜、王效科、郑华、赵同谦、肖荣波、赵景柱、肖燚、徐卫华等。
城市与区域生态国家重点实验室
2013年1月21日