本研究室创建于1975年，原名为水污染化学研究室，1991年更名为水污染控制技术研究室，是生态环境研究中心成立最早的研究室之一。本研究室是国内水污染控制理论与技术重要研究基地，涉及生物、化工、材料和环境等多学科。自成立以来，研究室注重技术研究与应用相结合，根据国家需求和国际水科学领域发展趋势，针对水污染控制过程的关键问题，以技术创新为核心，开展污染物转化机制研究、高新技术开发与技术集成创新及应用，为解决我国水污染问题提供技术支持。经过长期科研实践的积累，研究室已建立相关学科的研究方法，具备开展水污染控制机制与技术、有机固体废弃物处置、分散污水治理、空气污染物高效净化等研究条件与设施，建立了先进的研究平台和多学科交叉的科研队伍，并与国内外科研机构、企业等建立了密切的联系。目前研究室共有高中级科研人员22人，其中研究员4人，副研究员7人；包括客座研究人员在内的硕士、博士研究生50余名。
多年来，研究室积极承担国家和地方的科研及应用项目，取得了一系列的研究成果，获得省部级以上成果奖19项，在国内外期刊上发表学术论文700余篇，申请和获授权发明专利200余项。
本研究室的主要研究方向及特色：
1. 水污染控制过程中污染物转化机制与关键技术研究及应用
在系统研究污染物迁移规律与转化机制基础上，发展基于计算模拟与大数据分析的新型污水处理模式与评估方法，研发水污染控制与污水资源化新技术，以及节能、低碳与资源回收的新型污水处理系统，形成适用于城市污水处理、中水回用、农村污水处理、工业废水处理与回用等一系列技术工艺，建立相应的示范工程。
2. 膜技术研究与应用
针对膜技术在水处理、水污染控制与污水资源化领域的需求，重点从事膜过程模拟与优化、膜分离机理、膜污染特征与机制、膜分离技术与设备等研究、开发与应用。
3. 空气污染物特征与高效净化技术研究及应用
研究恶臭、VOCs和微生物气溶胶的产生机制与逸散特征，构建高效净化系统，开展复合净化新技术研发及应用。
4. 有机固体废弃物处理、减量化与资源化利用研究及应用
针对污水污泥、畜禽粪便、生活垃圾等典型有机固体废弃物的特性及其需求，以减量化和资源化为核心，结合物化、生物及其组合方法，开发典型有机固体废弃物减量化与资源化利用的处理处置技术与设备，并进行推广应用。
5. 分散污水治理技术与管理
针对分散污水治理需求，开展乡村及城镇分散型卫生排水的技术与管理体系研究，研究范围覆盖室内生活卫生、污水/污物收集和最终资源化利用及处理处置的全过程。针对乡村生活污染治理需求，构建面向资源化的乡村厕所、废水与废物一体化协同治理模式，重点开展负压源分离与资源化关键技术与设备研发；开展乡村分散型卫生排水技术与管理技术研究。
目前，本研究室共有以下的研究组：
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