2006年9月24日，由台湾省自来水公司、水利署、台北自来水事业处、工研院能环所、新竹交通大学主办，台湾新竹交通大学环境工程研究所和中国科学院生态环境研究中心承办的“第三届海峡两岸饮用水安全控制技术及管理研讨会”在台湾新竹召开。33名产学研代表组成的大陆代表团在中国科学院生态环境研究中心主任曲久辉研究员的率领下，与来自台北自来水事业处、台湾省自来水公司、交通大学等单位的台湾地区150多名专业人士共同参加了会议。9月25日上午，中国水协副会长张悦教授和台湾地区水利方面负责人陈伸贤博士分别作了大陆的城镇供水状况与发展趋势和台湾地区在水资源可持续发展方面的大会报告，日本水环境学会会长、北海道大学渡边义公教授、美国Delaware大学讲座教授黄金宝教授以及中国工程院院士、生态环境研究中心汤鸿霄研究员就全球水处理技术现状与未来发展趋势做了大会的主题演讲。会议围绕“藻毒及嗅味”、“受污染原水之处理”、“致病微生物及生物毒性”、“程序操作及膜分离技术”、“混凝及浊度去除”、“水质及水量管理”、“高级处理”以及“前瞻性研究”8个主题，分4个会场开展了分会报告，报告内容涵盖了从水源到输配的全供水过程。26日上午在台北自来水事业处就“自来水紧急应变工作与系统建立”以及“供水和饮用水法规与水质标准”这两个专题组织了圆桌讨论会。会议准备充分，组织有序，与会代表积极参与、踊跃发言，达到了两岸饮用水业界学术机构和企业充分交流和互相学习、促进合作、增进了解的目的。
前两届会议分别于2004年和2005年在高雄和北京举行。这次会议上，大陆和台湾地区的代表就所关心的饮用水安全问题进行了更加深入的研讨，并到现场考察台北自来水的工艺技术和运行管理情况，进一步加深了两岸供水界的业务联系。台北自来水事业处为了欢迎大陆代表，在具有近100年历史、现已经成为自来水博物馆(原取水泵房)前举办了海峡两岸自来水之夜，晚会气氛热烈，给大家留下了深刻的影响。这次大会组织方进行了精心准备，使来自大陆的代表处处感受到了两岸同胞的骨肉之情。