生态环境研究中心建立了中心、研究室和课题组三级仪器装备运行和管理网络，实施优化高级管理、强化中级管理、放开下级管理的策略。实行统一规划定购、统一运行补贴、统一收费标准、统一质量保证、对外开放使用的管理模式。